مسجد جامع یزد، از آن دسته ابنیه ای است که در ادوار مختلف ساخته شده. از این رو می توان سیر تکاملی ساخت این بنا را به سه دوره کلی تقسیم کرد:

دوره اول: مسجد اولیه یا همان مسجد عتیق که به وسیله حاکم وقت یزد، علاءالدوله کالنجار احداث شد.

دوره دوم: مسجد جدید که به اهتمام سیدرکن الدین در سال 724 ه.ق وصل به مسجد عتیق بنا گردید.

دوره سوم: اقداماتی که برای تعمیر و مرمت مسجد مذکور و به منظور احیاء آن و همچنین تجهیزکردن این مسجد توسط حجه الاسلام و المسلمین وزیری در سال 1324 ه.ش صورت گرفت.

اصيل‌ترين بخشهاي هنر معماري بي نظير ايراني در گچ کاري‌، شبستان، صحن، گنبد، کاشي کاري و مناره هاي برافراشته آن جلوه گر است. زيباترين بخش اين بنا را مي توان مجموعه ايوان و گنبدخانه و فضاي پيرامون آن نام برد. نماي ايوان بلند با مجموعه اي از زيباترين تزئينات کاشي معرق و نقوش اسليمي و گياهي همچنين گره چيني پوشانده شده است. دو مناره مسجد که ارتقاع تقريبي آن از کف تا نوک به بيش از 52 متر مي رسد به عنوان  بلندترین زوج مناره های دنیا  شناخته می شود. محراب اصلي يا محراب واقع در گنبدخانه،‌ مزين به انواع کاشي معرق و کتيبه و آجر ضربی است و بر دو کاشی ستاره ای شکل منصوب در آن، نام استادکار و تاريخ ساخت محراب نقش بسته است. گنبد زيباي این مسجد از نوع دو پوسته پيوسته می باشد.

 مسجد جامع کبیر یزد، جزو منحصر بفردترین بناهای تاریخی ایران و گنجینه ای کم نظیر از معماری اسلامی است که در تاریخ 31 تیر سال 1313 با شماره 206 در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.